現金や預金だけであれば、その金額で分割すればいいので問題ありません。株式については、相続税を計算する時の決められた評価方法がありますので、それを参考になさっても良いかと思います。
一番困るのは不動産です。正確に評価するなら鑑定による方法もありますが、費用がかかります。当事者間で合意できれば自由に決めてかまいませんので、売却した場合の価格、固定資産税の課税の計算の根拠になる評価額、路線価、公示価格等参考にしながら調整してください。(相続税の計算をする時の評価額とは別です。)
必要があれば、協議書作成と同時に遺産目録も作成し、合意した評価額を記載しておけばよいでしょう。
≪例≫
「当事者全員は、遺産の評価を遺産目録の評価欄記載のとおりであることを合意する」